Ο ναός
Ο ιστορικός Λεκαίν αναφέρει πώς «κυριωτέρα Εκκλησία των Θηβών είναι η Μεγάλη Παναγία, ήτις περιέχει Εικόνα, τον Χριστόν φέρουσα δεξιά και έργον είναι του Ευαγγελιστού Λουκά», ενώ αναφορά σε αυτήν κάνει ο πολύς Strzygowski (1894).
Ο δε Giorgio Fedalto πιστεύει πως ο Ναός οικοδομήθηκε στον ίδιο τόπο πού ό Πολιούχος Θηβών Άγ. Ιωάννης ο Καλοκτένης, τόν 12ο αιώνα οικοδόμησε περίφημο Ναό τής Παναγίας.
Ο Ναός εξωτερικά
Ο ναοδομικός ρυθμός του Ναού είναι τρίκλιτος εγγεγραμμένος σταυροειδής μέ τρούλο.
ΙΕΡΟΣ ΝΑΟΣ ΜΕΓΑΛΗΣ ΠΑΝΑΓΙΑΣ ΘΗΒΩΝ
Τα κωδωνοστάσια κατασκευάσθηκαν αργότερα. Τον όλο σχεδιασμό καί επίβλεψη του Ναού ανέλαβε ο ονομαστός Αρχιτέκτονας Ιωάννης Φιλιππότης ο Τήνιος, με συνεργάτη τόν ονομαστό γλύπτη γιό τον Δημήτριο. Οι Φιλιππότες συγκέντρωσαν όλο το παλαιό αρχαιολογικό υλικό: κιονόκρανα, θωράκια, επιγραφές, γλυπτά που ήσαν διάσπαρτα στο χώρο και γίνονταν βορά των αρχαιοκαπήλων – αφού δέν υπήρχε ακόμη οργανωμένο μουσείο – τόσο από τα ερείπια ειδωλολατρικών μνημείων όσο καί από τα ερείπια τον παλαιού Ναού -Μονής και τα ενετοίχισαν πέριξ του Ναού, διακοσμώντας τον έτσι με περισσή σοφία, τέχνη καί σύνεση. Αυτό είχε σαν αποτέλεσμα να χαρακτηρισθεί ο Ναός ως «εντοιχισμένο διαχρονικό μουσείο εντοιχισμένων γλυπτών όλων των εποχών»! Άξια ιδιαίτερου θαυμασμού και προσοχής είναι τα κατωτέρω: Στην Κεντρική είσοδο: δεξιά, ο Βοιωτικός Κάνθαρος (Αμφορέας) (δ’ αί. π.Χ.)
Αριστερά ο παλαιοχριστιανικός Σταυρός.
Στό μέσο ξεχωρίζει το γλυπτό μαρμάρινο αντίγραφό της Μ. ΙΙαναγίας, έργο του Δημητρίου Φιλιππότη, στο τρίγωνο αέτωμα τής κεντρικής εισόδου και ο «Θυρέος» με το συμβολικό Άετό.
Στη βόρεια πτέρυγα ξεχωρίζουν: η ‘επιγραφή – αφιέρωμα της πόλεως πρός τον Ρωμαίο Αυτοκράτορα Τίτο: «ΑΥΤΟΚΡΑΤΟΡΑ ΤΙΤΟΝ ΚΑΙΣΑΡΑ ΘΕΟΝ ΣΕΒΑΣΤΟΝ ΟΥΕΣΠΑΣΙΑΝΟΝ. Η ΠΟΛΙΣ» Ήταν τοποθετημένη κάτω από άγαλμα του. Διακρίνουμε επίσης, ένα πρωτοχριστιανικό Θωράκιο Τέμπλου στο ψηλότερο σημείο τον αετώματος καθώς και μία γλυπτή περιστερά του στ’ αί. π.Χ. .
Στη νότεια πτέρυγα ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζουν : Ο Τέθριπος Ηνίοχος (δ’ αϊ.π.Χ.) πού ήταν επιτύμβια πλάκα στο μνημείο ήρωα καθώς και γλυπτό με ιππέα στρατιώτη καί επιγραφή: «ΕΠΑΦΡΙΩΝ ΗΡ (ΩΣ)» (γ’ αί. π.Χ.).
Στην ανατολική πτέρυγα (κόγχες Ιερού Βήματος) τοποθετήθηκαν μόνο χριστιανικά γλυπτά και κυρίως παλαιοχριστιανικά βυζαντινά θωράκια τέμπλων, «απείρου κάλλους και Θαυμασμού» κατά τον Γερμανό Αρχαιολόγο Αιμίλιο Ντούττσεκ (1942).
Ξεχωριστό ένδιαφέρον παρουσιάζουν τά παράθυρα καί τα υπέρθυρα τον Ναού όπου οι Φιλιππότες χρησιμοποίησαν τα καταλληλότερα κιονόκρανα κορινθιακού , δωρικού, ιωνικού και βυζαντινού ρυθμού για να τα διακοσμήσουν.